La metodología del Doctorado es presencial, con una duración de tres años destinados a la realización de los seminarios y avance del trabajo de tesis, a los que se sumarán máximo 2 años destinados a la investigación y finalización de la Tesis Doctoral. Durante los primeros tres años se cursarán los seminarios de fundamentación y profundización, una vez al mes, los días jueves, de 2:00 a 6:00 p.m.; y los viernes y sábados, de 8:00 a.m. a 12:00 m. y de 2:00 a 6:00 p.m. Los dos últimos años se dedicarán a la redacción de la Tesis Doctoral, con el acompañamiento de un director. Sin embargo, el estudiante podrá culminar su tesis en un tiempo inferior, caso en el cual se procederá a fijar fecha de sustentación. El Doctorado en Derecho Público está conformado por cuatro grandes módulos: Uno de fundamentación: Teoría y Filosofía del Derecho, y Teoría de los Derechos Fundamentales; el segundo, de Profundización Disciplinar: Teoría del Estado y de la Constitución; el tercero, de Formación Interdisciplinar; y el cuarto, de Investigación. La organización curricular es reflejo del sistema modular, característico de la enseñanza del derecho en la Universidad Santo Tomás.