La función de Auditoría Interna se identifica en la Universidad Santo Tomás, desde el Manual de Funciones dentro de los procesos de control, los cuales van dirigidos a verificar el funcionamiento de las disposiciones académicas, administrativas y financieras de la Universidad; el referente de su creación lo encontramos en la Resolución No 22 del 25 de julio de 1966.

Posteriormente en el año 2000, el Rector General de entonces, ve la necesidad de establecer un equipo de trabajo que oriente y evalúe la elaboración de nóminas académicas en la Sede Principal; es así como mediante la Resolución Rectoral N° 46 del 7 de julio de 2000, se crea el Comité de Auditoría.

En el año 2011 el Vicerrector Académico General solicita al Consejo Superior la creación de manera definitiva del Comité, para lo cual se expide el Acuerdo 38 de 25 agosto/2011, que aprueba su funcionamiento por un año.

En el año 2013, el Vicerrector Académico General presenta el resultado del trabajo realizado y justifica su creación de forma definitiva, es así como se concreta a través del Acuerdo 23 del Consejo Superior del 4 de diciembre/2012.

En la Seccional Bucaramanga se implementa la función a partir del 24 de septiembre de 2007, con el apoyo de la Sede Principal; mientras que en la Seccional Tunja se inicia a finales de 2010.

En la Seccional Tunja se implementan labores de Auditoría Interna a finales del año 2010 con el apoyo de la Sede Principal, dichas labores son ejercidas por el profesional de presupuesto.

Mediante Resolución No 22 del 26 de octubre de 2015, se implementa la Oficina de Auditoria Interna en la Universidad Santo Tomás Seccional Tunja.