Ranking U. Sapiens: de más de 360 instituciones de educación superior que hay en el país (entre sedes principales y seccionales), solo 74 lograron clasificar en la versión 2019-2, del ranking U-sapiens. La Universidad Santo Tomás Seccional Tunja se encuentra en el puesto 59.

Rankin Scimago: las instituciones relacionadas con la academia y la investigación son ranqueadas por un conjunto de indicadores basados en la investigación, productos de innovación e impacto social. En el ranking Scimago la Universidad Santo Tomás de Colombia se encuentra en el puesto 24 para el primer semestre de 2020.

Santoto hace parte de los ganadores del premio de la sostenibilidad ANDESCO.