Aunque la Universidad Santo Tomás a fines de 1862, es clausurada por el gobierno del General Tomás Cipriano de Mosquera, cabe la pena recordar que, siendo reconocida como —patrimonio histórico, científico y cultural de la nación colombiana—, es restaurada en 1965 por la Orden de Predicadores, respaldada por la Iglesia y por el Estado.

Con la restauración se recupera también su misión histórica como “Universidad de Estudio General”, inspirada en la doctrina de Santo Tomás de Aquino, “para albergue de la ciencia, de la investigación y del saber profesional”, según palabras del restaurador, Padre Luis J. Torres Gómez, O.P., al servicio de los estudiantes, cuya “formación de técnicos profesionales” debe articular el saber científico con el “humanismo integral”.

Es importante recordar que la Universidad Santo Tomás, fundamentada en su carácter de Universidad de Estudio General ha enfatizado siempre su diferencia frente al modelo universitario politécnico: su naturaleza le exige cultivar una visión humanista propia, una cosmovisión filosófico-teológica que fundamente y oriente los distintos currículos profesionales.